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在目前海洋水质监测技术的研究与应用中，尽管监测技术突飞猛进，不过仍存在一些问题和不足。
1、在海洋水质监测系统中，由于需要监测的指标太多，整个系统的监测工作需要通过不同类型、不同功能的设备来实现。不同设备的参数、原理、技术、成本、性能、维护和维护存在较大差异，不但为工作人员带来了很大的工作压力，并且设备使用也比较复杂，无法实现统一化。为实现对海洋水质的有效监测和管理，需要确保许多设备的运行稳定性，并要求定期对监测设备进行维护和维护。
2、由于监测设备的频繁更换和性能不同，会对监测的水质数据产生一定的影响。此外，在不同时间段监测的数据在没有统一处理的情况下连接到监测系统，导致监测数据分散，最终无法感知水质参数的浓度。
3、使用卫星遥感监测海水时，空间分辨率较低，观测重复周期过长，且仅监测有色物质浓度的变化，存在无法监测的水体。同时，遥感水质反演模型的时空移植性能较差，对水质监测结果的准确性有一定影响。
4、目前市场上主流的海洋水质监测系统大多只注重水质数据的监测，忽视了海量数据中数据的属性和有效信息的挖掘。
海洋水质监测技术研究是保护海洋环境、防止海洋污染的重要课题。未来的研究将主要在以下几方面重点突破：
1、海洋监测方法和数据处理技术正在朝着综合化及可视化的方向发展。在传感器和通信设备日益成熟和稳定的情况下，适合海洋信息数据处理、集成和监督的软件将逐渐兴起。
2、物联网产业的快速发展，使得信息共享越来越方便，xml技术，GIS技术、云计算服务等先进技术的应用将促进海洋信息数据的交换和共享，并使共享的速度和内容飞跃提升。
3、随着水面和水下网络传输技术的应用，高精度的水质监测传感器将逐渐出现，海洋水质监测设备将向微观和智能化方向发展。
4、随着人工智能技术的快速发展，大数据挖掘技术将逐渐在水质监测领域得到普及。分析和挖掘大量的水质监测数据可以提高水质监测的速度和准确性，促进无人监测的实施，并对海洋水污染问题进行实时预警和控制决策。
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